Kompleksitas Kanker, Kesamaan yang Dirinci dalam Analisis Genomik Luas

A massive undertaking involving more than 1,300 scientists from 37 countries reported in 23 papers shows the results of analyzing 47 million genetic changes in 2,600 genomes of 38 different tumor types. Sebuah upaya besar-besaran yang melibatkan lebih dari 1.300 ilmuwan dari 37 negara yang dilaporkan dalam 23 makalah menunjukkan hasil menganalisis 47 juta perubahan genetik pada 2.600 genom dari 38 jenis tumor yang berbeda. The Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) presented what the researchers called “the most comprehensive study of whole cancer genomes to date.” Analisis Pan-Kanker untuk Genom Utuh (PCAWG) mempresentasikan apa yang disebut para peneliti sebagai "studi paling komprehensif dari seluruh genom kanker hingga saat ini."
Mengambil keuntungan dari teknologi informasi sequencing dan komputasi terbaru, para peneliti, dibagi menjadi 16 kelompok kerja, membuka pintu ke kompleksitas genetik dan kesamaan dalam kanker, dan menawarkan wawasan yang dapat memacu penemuan lebih lanjut dan perawatan akhirnya.
PCAWG analyzed whole genomes rather than the more common approach of sequencing only protein-coding regions. PCAWG menganalisis seluruh genom daripada pendekatan yang lebih umum hanya mengurutkan daerah pengkode protein. They produced 1,188 tumor transcriptomes to link RNA and DNA alterations and explored genetic drivers, tumor signatures, and virus DNA found in cancers. Mereka menghasilkan 1.188 transkriptom tumor untuk menghubungkan perubahan RNA dan DNA dan mengeksplorasi driver genetik, tanda tangan tumor, dan DNA virus yang ditemukan pada kanker. These analyses generated more than 800 terabytes of data, roughly equivalent to the storage required for 200,000 movies. Analisis ini menghasilkan lebih dari 800 terabyte data, kira-kira setara dengan penyimpanan yang dibutuhkan untuk 200.000 film.
PCAWG found cancer-driver mutations for 95% of cases, and that on average each cancer genome has four or five drivers. PCAWG menemukan mutasi driver kanker untuk 95% kasus, dan rata-rata setiap genom kanker memiliki empat atau lima driver. Sizable minorities of cancers showed signs of chromoplexy (17.8%) or chromothripsis (22.3%), reflecting complex and chaotic rearrangement processes. Minoritas kanker yang cukup besar menunjukkan tanda-tanda chromoplexy (17,8%) atau chromothripsis (22,3%), yang mencerminkan proses penataan ulang yang kompleks dan kacau. The researchers found that genetic changes leading to cancer occur early on—sometimes decades in advance of diagnosis. Para peneliti menemukan bahwa perubahan genetik yang mengarah pada kanker terjadi sejak dini — terkadang beberapa dekade sebelum diagnosis.
The investigation also uncovered genetic drivers in noncoding DNA, like noncoding regions of the tumor-suppressor gene TP53 and of the telomerase gene TERT. Penyelidikan juga mengungkap driver genetik dalam DNA nonkode, seperti daerah nonkode gen penekan tumor TP53 dan gen TERT telomerase. Another PCAWG team characterized mutational signatures using more than 84 million somatic mutations from 4,645 whole-genome and 19,184 exome sequences to describe 81 signatures including single- doublet- and clustered-base-substitutions as well as small insertion-and-deletion signatures, many not previously identified. Tim PCAWG lain mengkarakterisasi tanda tangan mutasi menggunakan lebih dari 84 juta mutasi somatik dari 4.645 seluruh genom dan 19.184 sekuens exome untuk menggambarkan 81 tanda tangan termasuk penggantian-basis-doublet-dan clustered-base serta tanda tangan penyisipan dan penghapusan kecil, banyak yang tidak diidentifikasi sebelumnya. In a first, another team identified 16 structural variants involving large rearrangements. Pada awalnya, tim lain mengidentifikasi 16 varian struktural yang melibatkan pengaturan ulang besar.
Analisis virus yang terkait dengan kanker menyoroti prevalensi virus Epstein-Barr, virus hepatitis B, dan human papillomavirus.
All the PCAWG papers, published in Nature and related journals, are open access at nature.com/collections/afdejfafdb. Semua makalah PCAWG, diterbitkan di Nature dan jurnal terkait, adalah akses terbuka di nature.com/collections/afdejfafdb. The researchers' raw genome sequencing data and other resources also are available to researchers. Data sekuensing genom mentah peneliti dan sumber daya lain juga tersedia untuk para peneliti.
KERACUNAN OPIOID YANG BEKERJA PADA ANAK-ANAK, REMAJA
About one-quarter of opioid poisonings occur in children and adolescents, and poisoning incidents have become more severe in recent years, according to an abstract presented at the Society of Critical Care Medicine's annual congress. Sekitar seperempat dari keracunan opioid terjadi pada anak-anak dan remaja, dan insiden keracunan telah menjadi lebih parah dalam beberapa tahun terakhir, menurut sebuah abstrak yang dipresentasikan di kongres tahunan Perhimpunan Critical Care Medicine. The retrospective study of more than 750,000 opioid poisoning cases reported to the National Poison Data System from 2005 to 2018 found that 27.5% (207,543) of cases occurred in patients younger than age 19. Studi retrospektif lebih dari 750.000 kasus keracunan opioid yang dilaporkan ke Sistem Data Racun Nasional dari 2005 hingga 2018 menemukan bahwa 27,5% (207.543) kasus terjadi pada pasien yang lebih muda dari usia 19 tahun.
Trend analysis over three eras (2005–2009, 2010–2014, and 2015–2018) showed that the percentage of patients admitted to critical care units and deaths increased over time; Analisis tren selama tiga era (2005-2009, 2010-2014, dan 2015-2018) menunjukkan bahwa persentase pasien yang dirawat di unit perawatan kritis dan kematian meningkat seiring waktu; 6.6%, 8.5%, and 9.6% and 0.18%, 0.20%, and 0.28%, respectively. 6,6%, 8,5%, dan 9,6% dan 0,18%, 0,20%, dan 0,28%, masing-masing. The probability of having a moderate or major effect also rose, by 0.55% and 0.11%, respectively. Peluang untuk memiliki efek sedang atau besar juga meningkat, masing-masing sebesar 0,55% dan 0,11%.
Keracunan opioid dengan tujuan bunuh diri meningkat selama tiga periode waktu, dari 13,9% menjadi 21,2%.
Dalam laporan terpisah yang diterbitkan, para peneliti mengatakan mereka mengamati dua distribusi usia puncak untuk keracunan opioid, pada anak-anak dari bayi baru lahir hingga usia 4 dan pada remaja dari 15 hingga hampir 19 tahun.
DEPARTEMEN DARURAT UNTUK UJI EMBOLISME PARU
Computed tomographic pulmonary angiography (CTPA) terlalu sering digunakan dalam pemeriksaan diagnostik emboli paru (PE), menggarisbawahi "kebutuhan mendesak untuk penyebaran dan implementasi protokol untuk mengurangi pemindaian CTPA hasil rendah," termasuk pengujian D-dimer, menurut penulis. dari sebuah penelitian yang meneliti praktik-praktik departemen darurat (ED) yang melibatkan pengujian terkait-PE (Circ Cardiovasc Qual Outcomes 2020; 13: e005753).
The study, a cross-sectional analysis of electronic health record and billing data from 16 EDs in Indiana and 11 hospitals in the Dallas-Fort Worth area, identified ED patients who underwent any of the following, including D-dimer testing, CTPA, scintillation ventilation perfusion lung scanning, or pulmonary angiography. Studi ini, analisis cross-sectional dari catatan kesehatan elektronik dan data tagihan dari 16 ED di Indiana dan 11 rumah sakit di daerah Dallas-Fort Worth, mengidentifikasi pasien ED yang menjalani salah satu dari yang berikut, termasuk pengujian D-dimer, CTPA, kilau ventilasi pemindaian paru perfusi, atau angiografi paru. Out of 1.83 million patient encounters, 5.3% had a diagnostic test for PE. Dari 1,83 juta pertemuan pasien, 5,3% memiliki tes diagnostik untuk PE. Nearly 60% of all patients who had tests for PE underwent CTPA without D-dimer testing. Hampir 60% dari semua pasien yang memiliki tes PE menjalani CTPA tanpa pengujian D-dimer. About 21% of CTPA took place in women younger than age 45, who are at greater risk of cancer from CTPA radiation exposure, according to the authors. Sekitar 21% dari CTPA terjadi pada wanita yang lebih muda dari usia 45, yang berisiko lebih besar terkena kanker dari paparan radiasi CTPA, menurut penulis.
Hasil diagnostik CTPA untuk PE yang dikumpulkan adalah 3,1%, dengan tingkat 1,3% di Indiana EDs, dan tingkat 4,8% di fasilitas Dallas-Fort Worth.
Pasien di Indiana lebih kecil kemungkinannya daripada yang di Dallas-Fort Worth untuk menerima tes D-dimer sebelum CTPA (masing-masing 30% berbanding 52%), kemungkinan mencerminkan dampak dari inisiatif peningkatan kualitas yang ditargetkan yang telah terjadi di Dallas-Fort Worth untuk meningkatkan penggunaan pengujian D-dimer pada pasien berisiko rendah.
The data imply that “D-dimer ordering correlates with an increased yield rate of PE on CTPA,” wrote the investigators. Data tersebut menyiratkan bahwa “pemesanan D-dimer berkorelasi dengan peningkatan tingkat hasil PE pada CTPA,” tulis para peneliti. “This relationship suggests but does not prove a positive cause-effect relationship between rate of D-dimer ordering and PE yield.” "Hubungan ini menunjukkan tetapi tidak membuktikan hubungan sebab-akibat positif antara tingkat pemesanan D-dimer dan hasil PE."